dans le cadre d’une extension par construction d’une annexe à un logement, c’est bien la surface à la fois de l’annexe et de l’ensemble qui constitueront le ou les seuil(s) selon lesquels il faudra un Permis ou une Déclaration, voire un recours à un architecte.
Le seuil des 40m² correspond bien à la création de SHOB. La surface brute existante n’entre pas en compte pour considérer ce seuil.

Dans le cas que vous exposez, à savoir la construction d’un nouveau logement en annexe d’un logement existant par extension (lien physique et organique), vous devrez déposer une DP si la surface hors œuvre brute (SHOB) nouvellement créée est comprise entre 2 et 40m² et un PC au-delà de 40m² de SHOB créée.
Autrement dit, si vous créez 39m² de SHOB et transformez 30m² de SHOB existante ce sont les premiers 39m² créés qui sont pris en compte. Bien-sûr, si la SHOB transformée devient de la SHON, il faudra en tenir compte dans le calcul de la SHON totale.

De plus, entre 20 et 40m² d’extension, si celle-ci porte l’ensemble du bâti à plus de 170m² de SHON, alors le recours à un architecte sera obligatoire.

En cela, il y a finalement peu de changement hormis le seuil de 40m² avant nécessité d’un permis de construire.

J’espère répondre à votre interrogation.